Rupert Sanders comenzó su carrera dirigiendo numerosos anuncios de televisión, incluyendo The Life for Halo 3: ODST, que le valió dos Golden Lions en el Festival Internacional de Publicidad de Cannes Lions. Su primer largometraje fue la Blancanieves y el cazador (2012), cinta de fantasía protagonizada por Kristen Stewart, Chris Hemsworth y Charlize Theron. En julio de 2012, Us Weekly publicó fotos de Sanders en un encuentro íntimo con la actriz Kristen Stewart, lo que llevó a Sanders y Stewart a emitir disculpas públicas por separado. Esto lo mantuvo alejado de las pantallas hasta 2017 que dirigió la adaptación cinematográfica de la franquicia de manga de ciencia ficción La vigilante del futuro, Ghost in the Shell, con Avi Arad y Steven Paul produciendo y Scarlett Johansson protagonizando el papel principal. Recientemente Apple TV + reveló que Rupert Sanders se encargará del episodio piloto de la serie Fundación, una nueva adaptación del clásico de ciencia ficción de Isaac Asimov.