Ben McKenzie comenzó a actuar durante sus primeros años en la Universidad de Virginia, donde apareció varias obras escolares. Después de graduarse, se mudó a Nueva York y apareció en obras fuera de Broadway. Se mudó a Los Ángeles a fines de 2001, y empezó a tener sus primeras apariciones en televisión en papeles pequeños. En 2003, FOX estrenó la serie de televisión The O.C., que se convirtió en un éxito rotundo entre los adolescentes y puso a McKenzie en el mapa como el problemático Ryan Atwood. Mientras aparecía en The O.C., McKenzie hizo su debut cinematográfico en Junebug (2005) junto a Amy Adams. Después apareció en un papel principal en la película de 2007 88 minutos, protagonizada por Al Pacino. En 2009 protagonizó como el agente de policía novato Ben Sherman, el drama policial, Southland, hasta su final en 2013. McKenzie comenzó interpretar a Jim Gordon en la serie de Batman Gotham en 2014; la serie tuvo su final en 2019 con su quinta temporada. Mantiene una relación con la actriz Morena Baccarin, con quien ha formado una familia.
